Возможные причины, когда в Вебвизоре фраза для рекламного перехода не показывается:

1. В параметрах рекламной кампании не указан номер счетчика; 

2. Визит был осуществлен из Сетей, в таком случае, поисковой фразы не существовало при переходе; 

3. У визита источник «Яндекс.Директ: Не определено» (можно посмотреть в детальной информации, кликнув на иконку "i" справа от записи);

4. Визит является отфильтрованным в Директе кликом (нигде не указывается, но если в отчете «Директ - Сводка» визитов меньше, чем в отчете «Рекламные системы», то скорее всего, это оно); 

5. В незначительном количестве случаев система может действительно не получить детальную информацию о визитах из Яндекс.Директа, тогда фраза также не будет отображаться.